ImportError: libf77blas.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory Raspberry Pi3

Question

I have a Raspberry Pi3 and my goal is to run several python3 scripts there as a dedicated server. So far, I have installed with pip3 the following packages

-numpy -pandas -scipy -python-Levenshtein -fuzzywuzzy

And several other I think are not related to this case. The issue is, when I actually run my script, it gives the following error

File "/usr/lib/python3/dist-packages/thonny/backend.py", line 305, in _custom_import
module = self._original_import(*args, **kw)
File "/home/pi/.local/lib/python3.5/site-packages/scipy/special/__init__.py", line 641, in <module>
from ._ufuncs import *
File "/usr/lib/python3/dist-packages/thonny/backend.py", line 305, in _custom_import
module = self._original_import(*args, **kw)
ImportError: libf77blas.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory

in the line

import scipy.stats as sp

I've googled around and so far I tried

sudo apt-get install libatlas-base-dev

This got me a long list of errors like dpkg Warning: file is missing from package file list 'libdom4j-java'

The list of missing files is quite long, it is in Spanish but you can get the gist of it by the package names

Seleccionando el paquete libgfortran-6-dev:armhf previamente no 
seleccionado.
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete `python- 
apt-common', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero actualmente 
instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete 
`libnpth0:armhf', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero 
actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete `bind9- 
host', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero actualmente 
instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete `libdom4j- 
java', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete 
`libenchant1c2a:armhf', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero 
actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete `python- 
simplejson', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero actualmente 
instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete `libjs- 
jquery', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero actualmente 
instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete 
`libxaw7:armhf', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero 
actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete `cpp', se 
supondrá que el paquete no tiene ningún fichero actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete 
`libgstreamer-plugins-base1.0-0:armhf', se supondrá que el paquete no tiene 
ningún fichero actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete `perl- 
modules-5.24', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero 
actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete 
`libsbc1:armhf', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero 
actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete `strace', 
se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete `libmpeg2- 
4:armhf', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero actualmente 
instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete 
`libnettle6:armhf', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero 
actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete `python3- 
pantilthat', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero actualmente 
instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete `python3- 
gpiozero', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero actualmente 
instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete 
`libatasmart4:armhf', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero 
actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete 
`libk5crypto3:armhf', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero 
actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete 
`scratch2', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero actualmente 
instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete 
`libss2:armhf', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero 
actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete 
`libdns162:armhf', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero 
actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete `python- 
urllib3', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero actualmente 
instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete `firmware- 
realtek', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero actualmente 
instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete `rpi- 
chromium-mods', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero 
actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete 
`libavdevice57:armhf', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero 
actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete 
`libid3tag0:armhf', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero 
actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete `hyphen- 
en-gb', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero actualmente 
instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete `lp- 
solve', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero actualmente 
instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete 
`fontconfig-config', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero 
actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete `geany', 
se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete `libxcb- 
xfixes0:armhf', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero 
actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete 
`libgtk2.0-common', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero 
actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete `lxplug- 
ptbatt', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero actualmente 
instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete `python3- 
flask', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero actualmente 
instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete 
`libmatroska6v5:armhf', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero 
actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete 
`libasyncns0:armhf', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero 
actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete `libpam- 
systemd:armhf', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero 
actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete 
`libip4tc0:armhf', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero 
actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete 
`libcdio13:armhf', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero 
actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete `piwiz', 
se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete 
`libstdc++-6-dev:armhf', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero 
actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete 
`libconfig-inifiles-perl', se supondrá que el paquete no tiene ningún 
fichero actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete 
`nuscratch', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero actualmente 
instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete `libwacom- 
common', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero actualmente 
instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete `libjs- 
underscore', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero actualmente 
instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete `python3- 
mote', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero actualmente 
instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete 
`libaudiofile1:armhf', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero 
actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete `python3', 
se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete `python- 
pianohat', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero actualmente 
instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete `lxplug- 
network', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero actualmente 
instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete `iso- 
codes', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero actualmente 
instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete 
`libncursesw5:armhf', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero 
actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete 
`libzbar0:armhf', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero 
actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete 
`libisorelax-java', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero 
actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete `rename', 
se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete 
`libarchive13:armhf', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero 
actualmente instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete `i2c- 
tools', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero actualmente 
instalado
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete `install- 
info', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero actualmente 
instalado 
dpkg: atención: falta el fichero de lista de ficheros del paquete `python3- 
rtimulib', se supondrá que el paquete no tiene ningún fichero actualmente 
instalado
dpkg: error fatal irrecuperable, abortando:
no se puede abrir el fichero de lista de ficheros del paquete `python3- 
rpi.gpio': La estructura necesita una limpieza
sh: 1: /usr/bin/gdbus: Structure needs cleaning
E: Sub-process /usr/bin/dpkg returned an error code (2)

I've tried as well

sudo apt-get install python3-pip python3-dev
wget https://github.com/lhelontra/tensorflow-on- 
arm/releases/download/v1.8.0/tensorflow-1.8.0-cp35-none-linux_armv7l.whl
sudo pip3 install /tensorflow-1.8.0-cp35-none-linux_armv7l.whl
sudo apt-get install libatlas-base-dev

and sudo apt install python3-scipy

non of the above works and I'm stillgetting the exact same error after each try, so I'm lost here.

Answer 1

Install ATLAS (presumably) ATLAS-develop from your Linux/ Raspberry Pi package manager, worked for me!

Answer 2

For me it worked doing the following in Raspbian Buster:

sudo apt-get install python-scipy
sudo apt update
sudo apt install libatlas-base-dev